Plusieurs outils ont été mis en place dans le cadre des activités de Veille Sanitaire Internationale (VSI) soit directement dans le cadre des activités du GS VSI/comité de rédaction soit en lien avec des acteurs de la recherche. Les principales collaborations en matière de recherche VSI ont lieu avec l'UMR Astre (INRAE-Cirad).
L’équipe de la VSI a mis au point un outil de visualisation interactif multi-maladies qui permet de représenter de manière dynamique les foyers et les cas de plusieurs maladies suivies en continu dans le cadre de la VSI. Il s’agit de :
- Aethina tumida,
- Clavelée,
- Dermatose nodulaire contagieuse bovine (DNCB),
- Fièvre West-Nile (WN),
- Influenza aviaire hautement pathogène (IAHP),
- Peste porcine africaine (PPA),
- Peste porcine africaine (PPA),
- Peste des Petits Ruminants
- Tuberculose bovine (bTB).
Pour chacune de ces maladies, une carte et une série temporelle permettent de représenter l’évolution spatiale et temporelle des foyers et des cas.
L’outil PADI-web (« Platform for Automated extraction of animal Disease Information from the Web ») est un outil de veille automatique d’articles médias sur internet qui effectue :
1. la collecte quotidienne d’articles d’actualité issus de Google News traitant des maladies spécifiques ou de maladies inconnues/émergentes,
2. l’extraction automatique d’informations (nom de maladie ou signes cliniques, lieu, date et espèce touchée) issues de ces dépêches
3. une restitution synthétique et agrégée de l’information (cartes, séries temporelles).
Exemples de maladies surveillées : Grippe Aviaire (IA), Peste porcine africaine (PPA), Virus du Nil occidental (WN), TBE, RVF, PPR, CCHF, CHIK, Brucella, Bluetongue, Usutu, FMD, LSD, LYME, SBV, AMR , etc. Trois unités de recherche sont impliquées dans le développement de cet outil : Cirad/Inra Astre (Montpellier), Cirad Tetis (Montpellier), INRAE Epia (Clermont-Ferrand).
L'équipe de VSI de la Plateforme ESA n'assure pas le développement de l'outil mais contribue en tant qu'utilisateur de l'outil afin de proposer des améliorations pour optimiser les activités de VSI au quotidien
L’équipe de la VSI, le Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM) et le Cirad, ont développé « Multi-source Surveillance Tool » (MUST – outil de surveillance multi-source). Il s’agit d’une plateforme de collecte, compilation et visualisation des différentes sources d’informations relatives aux évènements sanitaires. Il inclut les données de notification officielles (issus de la base WAHIS) et d’autres sources alternatives, tels que les media et les réseaux d’experts en veille sanitaire.
« MUST-HPAI in mammals » constitue le premier volet de l’outil MUST. Il porte sur les cas d’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) détectés chez les espèces de mammifères (hors cas humains) depuis le 01/01/2021.
La détection du virus de l’IAHP chez une espèce hôte inhabituelle constitue un évènement rare, dont la notification est obligatoire auprès de l’OMSA. En complément, un algorithme d’analyse textuelle a été développé par le LIRMM afin d’extraire automatiquement les cas notifiés par le réseau Promed-mail. L’algorithme permet d’identifier notamment la date de l’évènement, l’espèce concernée, le sous-type du virus et le lieu. Les informations ainsi recueillies peuvent nécessiter une correction manuelle.
La visualisation conjointe des cas notifiés officiellement et des cas identifiés par les réseaux de modérateurs Promed permet d’effectuer le suivi en continu et en temps réel des cas d’IAHP chez les mammifères. Elle améliore la compréhension globale de la fréquence et de la répartition de ces évènements inhabituels.
Le tableau de bord est actualisé toutes les semaines avec les données officielles issues de WAHIS et une extraction des posts Promed. Le fichier de données compilées peut être téléchargé en format csv et json.
La mise en œuvre de cet outil a été financé dans le cadre du projet européen MOOD H2020