Bilan de la campagne de dépistage de l'influenza aviaire chez les palmipèdes gras avant mouvement vers un autre site d'élevage entre le 6/01/2018 et le 28/02/2018

Axelle Scoizec¹, Eric Niqueux², Audrey Schmitz², Adeline Huneau-Salaün¹, Alexandra Troyano-Groux³, Anne Bronner³, Sophie Le Bouquin¹
Auteur correspondant : axelle.scoizec@anses.fr

1. Anses-Ploufragan, LNR influenza aviaire, Unité Epidémiologie aviaire, Ploufragan, France
2. Anses-Ploufragan, LNR influenza aviaire, Unité virologie aviaire, Ploufragan, France
3. DGAl, Bureau de la santé animale, Paris, France

Mots clés : Influenza aviaire, IAFP, France, Surveillance
Keywords: Avian Influenza, LPAI, France, Surveillance

La campagne de dépistage obligatoire de l’influenza aviaire (IA) sur les lots de canards prêts à gaver (PAG) avant leur mouvement vers une salle de gavage située sur un autre site d’élevage, qui a été conduite entre le 1^er décembre 2017 et le 15 janvier 2018 selon les modalités décrites dans l’arrêté ministériel du 8 février 2016 modifié et l’instruction technique DGAL/SDSPA/2017-906 du 16/11/2017, a été reconduite pour la période du 1^er février au 15 mars. Cette note présente les résultats des dépistages effectués durant la période du 16 janvier au 28 février 2018. Dans les dix jours précédant le mouvement prévu, les lots étaient contrôlés par un écouvillonnage oro-pharyngé et cloacal de vingt canards. L’analyse des mélanges de cinq écouvillons par RT-PCR temps réel, était réalisée par un laboratoire reconnu ou agréé selon les méthodes officielles ou reconnues (http://agriculture.gouv.fr/laboratoires-agrees-et-methodes-officielles-en-sante-animale). A noter que la surveillance n’est appliquée qu’aux lots de PAG transférés vers un atelier de gavage sur une autre exploitation, ou de la même exploitation, dès lors que la salle de gavage est située à plus de 1 km du site où sont détenus les PAG ; les résultats obtenus sont donc représentatifs de cette population (exhaustivité des lots contrôlés en fin de pré-gavage avant mouvement) mais pas des lots élevés et gavés sur la même ferme (système de production dit « autarcique »).

Parmi les 21 laboratoires reconnus ou agréés, douze ont réalisé des analyses pour cette période de la campagne de dépistage. Au total, sur les 536 lots contrôlés, 76 (14 % des lots) se sont révélés positifs par RT-PCR temps réel gène M, montrant la présence d’un virus influenza de type A. Parmi ces lots contrôlés, onze (2 %) étaient positifs vis-à-vis d’un virus faiblement pathogène (IAFP) (sous-type H5N3 pour 7 lots et H5Nx pour les 4 autres), situés dans les départements du Gers (5 foyers), du Morbihan (3 foyers), de Vendée (2 foyers) et de Loire-Atlantique (1 foyer). Les 65 autres lots de canards étaient positifs vis-à-vis de virus influenza A, qui n’étaient ni de sous-type H5 ni de sous-type H7, et dont la caractérisation sera réalisée dans un second temps par le laboratoire national de référence. Les résultats détaillés par département et région d’origine des lots sont présentés dans le tableau 1.

Les lots contrôlés se situaient dans sept régions : 303 lots en Nouvelle-Aquitaine (57 % des contrôles), 137 en Occitanie (26 %), 61 en Pays de la Loire (11 %), dix-neuf en Bretagne (4 %), six en Centre-Val de Loire (1 %), cinq dans le Grand Est (1 %) et cinq en Auvergne-Rhône-Alpes (1 %). Les régions Bretagne et Pays de la Loire présentaient la proportion de lots positifs à la recherche du gène M des virus influenza de type A la plus élevée parmi ces sept régions (26 vs 12 % pour l’ensemble des autres régions). En comparaison avec la période de dépistage précédente (bilan sur la période du 1^er décembre 2017 au 15 janvier 2018), on constate une augmentation significative de la proportion de lots contrôlés positifs à la recherche du gène M des virus influenza de type A (5 vs 14 %, p < 0,01) et de la proportion de lots contrôlés positifs à la recherche de virus IA de sous-type H5 (0,2 vs 2 %, p<0.01) (les résultats détaillés incluant les intervalles de confiance sont présentés dans le tableau 1); la proportion des lots positifs vis-à-vis du sous-type H5 parmi les lots positifs vis-à-vis d’un virus IA de type A passant de 4 à 14 %. La répartition géographique des lots contrôlés et la localisation des lots positifs à la recherche de virus IA de sous-type H5 ou de virus IA de sous-type non H5/H7 sont présentées dans la figure 1. Le nombre de lots contrôlés par département dans lesquels des contrôles ont été effectués varie de un à 152, du fait des différences importantes en nombre d’ateliers de canards PAG en filière non-autarcique par département. La situation des départements dans lesquels de nombreux lots ont été contrôlés est très variable : ainsi dans les départements de la Dordogne et du Lot-et-Garonne, la proportion de lots positifs à la recherche d’IA était faible comparativement à la situation nationale et il n’y avait pas de détection de lot positif de sous-type H5 ; dans le département des Landes, la proportion de lots positifs à la recherche d’IA était de 16 % avec une absence de détection de sous-type H5 ; dans les départements du Gers, de Vendée, de Loire Atlantique et du Morbihan, cette proportion était supérieure à 20 % avec des détections de sous-type H5 importantes (de 17 à 100 % des lots positifs au sous-type H5 parmi les lots positifs aux virus IA de tous sous types). La répartition temporelle par semaine des lots contrôlés et des résultats de ces contrôles sont présentés dans la figure 2.

En conclusion, d’un point de vue global, la situation concernant la circulation de virus d’influenza aviaire dans les lots de palmipèdes PAG dans cette seconde période de la campagne de dépistage est restée favorable vis à vis de virus IA hautement pathogènes (IAHP) :

• absence de détection de virus IAHP de clade 2.3.4.4 (virus responsables de l’épizootie de l’hiver 20162017), ce qui est à mettre en lien avec l'absence de cas détecté dans l'avifaune sur le territoire et le faible nombre de cas détectés dans l'avifaune en Europe comparativement à 2016-2017,
• aucune introduction de nouveaux virus IAHP de soustype H5 ou H7 n’a été détectée.

Cependant, on constate une augmentation de la circulation de virus influenza aviaire de type A, à laquelle contribue la circulation de virus IAFP de sous-type H5, dont la part augmente parmi les virus IA détectés :

• seize départements avec des virus IA (tous soustypes confondus) détectés parmi les 33 départements ayant eu des contrôles,
• 14 % des lots contrôlés avec détection d’un virus IA,
• quatre départements avec détection de virus IAFP de soustype H5,
• 2 % des lots contrôlés avec détection d’un virus IAFP H5.

Néanmoins, la situation dans les bassins de production de canards PAG, est contrastée : une faible circulation de virus IA et aucune détection de virus de sous-type H5 en Dordogne et Lot-et-Garonne, une circulation importante de virus IA et aucune détection de virus de sous-type H5 dans les Landes, les Pyrénées-Atlantiques, les Hautes-Pyrénées, et une circulation importante de virus IA avec détection de virus de sous-type H5 dans le Gers, le Morbihan, la Vendée et la Loire-Atlantique.
Une prochaine note compilera l’ensemble des résultats de la campagne de dépistage entre le 1^er décembre 2017 et le 15 mars 2018.

Tableau 1. Résultats par lot de canards prêts à gaver des analyses réalisées dans le cadre des autocontrôles influenza aviaire avant mouvement, du 16 janvier au 28 février 2018

* Différence significative (p<0.05) entre la prévalence mesurée en période 1 (1er décembre 2017 au 15 janvier 2018) et celle mesurée en période 2 (test exact de Fisher)
**L’intervalle de confiance à 95% est mentionné lorsque le nombre de lots contrôlés est au moins égal à 20 par département.
*** La prévalence est comparée avec celle de la période1 (1er décembre 2017 au 15 janvier 2018) si les effectifs contrôlés sont égaux ou supérieurs à 10 lots : baisse æ, augmentation ä ou maintien à; si l'effectif est inférieur à 10 lots, il n’y a pas de comparaison, seule une apparition d’une détection en deuxième période alors qu’il y avait absence de détection en première période est mentionné par l’indication «1^ère détection ».

Figure 1. Répartition géographique des lots de canards prêts à gaver prélevés dans le cadre de la surveillance avant mouvement et localisation des lots contrôlés positifs par RT-PCR temps réel gène M et gène H5 pour la période du 16 janvier au 28 février 2018

Figure 2. Evolution par semaine du dépistage vis-à-vis de l’influenza aviaire des lots de canards prêts à gaver avant mouvement pour la période du 16 janvier au 28 février 2018