Suivi IAHP en Europe : point au 18/11/2020 inclus

Pour le comité de rédaction de la Plateforme ESA [1] : Jean-Philippe Amat, Julien Cauchard, Sophie Carles, Céline Dupuy, Sylvain Falala, Guillaume Gerbier, Viviane Henaux, Yves Lambert, Renaud Lancelot
Pour le laboratoire national de référence 1 : François-Xavier Briand, Béatrice Grasland, Sophie Le Bouquin-Leneveu, Éric Niqueux, Axelle Scoizec, Audrey Schmitz,
Auteurs correspondants : julien.cauchard@anses.fr et axelle.scoizec@anses.fr

 

Note rédigée en collaboration avec le LNR Influenza de l’Anses et l’OFB
Les informations traitées dans cette note couvrent la saison hivernale 2020/2021 depuis la détection du premier cas au Pays-Bas le 17/10/2020 qui a été confirmé le 20/10/2020. Ces informations seront mises à jour chaque mardi dans le BHVSA et chaque jeudi dans une note dédiée sur le site internet de la Plateforme ESA.

La Belgique et la Suède ont confirmé les premiers cas d’IAHP sur leur territoire les 13 et 16/11/2020 respectivement, portant à huit le nombre total de pays européens atteints depuis le début de l’épizootie le 20/10/2020 (Pays-Bas, Allemagne, Royaume-Uni, Danemark, Irlande, Belgique, France, Suède). Les nombreuses confirmations rapportées cette semaine indiquent que la forte dynamique d’infection par des virus H5 hautement pathogènes (appartenant à au moins trois sous-types rapportés : H5N1, H5N5 et H5N8) au sein de l’avifaune sauvage dans l’ouest de l’Europe perdure. Cela révèle un risque élevé d’introduction de ces virus dans les élevages de ces pays, déjà confirmé aux Pays-Bas, au Royaume-Uni, en Allemagne, au Danemark et en Suède. On notera qu’au Royaume-Uni et en Suède, la détection en élevage n’avait pas été précédée de cas dans l’avifaune sauvage de ces pays.
Étant donné que la dynamique d’infection est présente dans un couloir actif de migration descendante en amont de la France, cette situation alertait depuis plusieurs semaines sur le risque d’introduction de ces virus en France. Un foyer a été détecté en Haute-Corse cette semaine. Cela souligne l’importance de maintenir une vigilance particulière sur tout le territoire français pour détecter précocement tout nouveau foyer ou cas sauvage. La vigilance et l’application des mesures de biosécurité tant au niveau des élevages qu’au niveau des transports et abattoirs des filières avicoles pourront permettre d'éviter l'atteinte du compartiment domestique/élevages
Le foyer corse est situé dans une commune de zone à risque particulier, au sein d’un magasin de jardinerie. Le rayon animalerie comprend à la fois des volailles de rente et également d’ornement. L’origine de la contamination n’est pas connue à ce jour, elle peut être liée aux mouvements d’oiseaux infectés dans l’avifaune sauvage ou à des mouvements commerciaux de volaille domestique ou d’ornement. L’enquête épidémiologique est en cours pour déterminer l’origine de la contamination et les éventuels foyers secondaires.

 

Incidence hebdomadaire en Europe

Au 18/11/2020 inclus, un total de dix-huit foyers domestiques, trois cas dans l’avifaune captive et 277 cas dans l’avifaune sauvage ont été confirmés en Europe depuis le 20/10/2020.

 

Figure 1. Nombre de cas ou foyers d’IAHP H5 par compartiment d’avifaune en Europe, confirmés entre le 20/10 et le 18/11/2020 inclus (source : Commission européenne au 19/11/2020). Attention, les données de la semaine 47 correspondent seulement aux trois premiers jours de la semaine

Distribution géographique

La distribution géographique des foyers et cas d’IAHP en Europe est présentée dans le Tableau 1 et la Figure 1. Les espèces sauvages et domestiques impliquées dans les cas et foyers d’IAHP en Europe sont données dans le Tableau 2.

Tableau 1. Nombre de foyers domestiques et cas dans l’avifaune (sauvage ou captive) confirmés d’IAHP H5 en Europe par pays du 20/10 au 18/11/2020 inclus (source : Commission européenne ADNS et DGAL le 19/11/2020)
 

Pays
Compartiment
Date de première confirmation
Nombre de foyers et cas confirmés pour la saison 2020
Sous-types identifiés
 
H5Nx
H5N1
H5N5
H5N8
 
Allemagne
Sauvage
30/10/2020
210
7
1*
3
200*
 
Élevage
04/11/2020
9
/
/
1
8
 
Belgique
Sauvage
13/11/2020
3
/
/
/
3
 
Danemark
Sauvage
05/11/2020
16
1
/
1
14
 
Élevage
16/11/2020
1
/
/
/
1
 
France
Élevage
16/11/2020
1
/
/
/
1
 
Irlande
Sauvage
06/11/2020
3
/
/
/
3
 
Pays-Bas
Sauvage
20/10/2020
39
/
4
1
34
 
Élevage
29/10/2020
4
/
/
/
3
 
Captif
10/11/2020
3
/
/
/
3
 
Royaume-Uni
Sauvage
08/11/2020
6
/
/
/
6
 
Élevage
02/11/2020
2
/
/
/
2
 
Suède
Élevage
16/11/2020
1
/
/
/
1
 
Total Europe
Sauvage
20/01/2020
277
8
5
5
260
 
Élevage
29/10/2020
18
/
/
1
17
 
Captif
10/11/2020
3
/
/
/
3
 
* dont un cas mixte H5N1/H5N8
Figure 2. Localisation des cas sauvages et foyers domestiques d’IAHP H5Nx en Europe confirmés entre le 20/10 et le 18/11/2020 inclus (source : Commission européenne au 19/11/2020)

Phylogénie

D’après les séquences du génome entier du virus H5N8 détecté dans le premier cas d’infection déclaré aux Pays-Bas (Beerens et al.), celui-ci appartient au clade 2.3.4.4b et est apparenté à des virus H5N8 ayant circulé en Égypte en 2018-2019, ainsi qu’en Europe et en Asie en 2016-2017. Ce virus est distinct des virus de l’IAHP H5N8 de même clade qui avaient circulé en Allemagne et dans plusieurs pays d’Europe de l’Est, y compris la Bulgarie, de décembre 2019 à juin 2020.
En l'absence de données publiées disponibles concernant les séquences des virus H5N8 HP détectés depuis début septembre 2020 en Russie et au Kazakhstan, leur parenté avec la souche précédente est encore incertaine mais serait plausible compte tenu des mouvements migratoires hivernaux en cours.

Espèces concernées

Tableau 2. Liste des espèces sauvages et domestiques impliquées dans les cas et foyers d’IAHP en Europe et nombre de déclarations ADNS associées, du 20/10 au 15/11/2020 inclus (plus foyer français confirmé le 16/11/2020) (source : Commission européenne ADNS au 16/11/2020), * détection avec plusieurs espèces. Le tableau sera actualisé dans le BHVSI du 24/11/2020
 
Total par espèces
Allemagne
Danemark
France
Irlande
Pays-Bas
Royaume-Uni
 
Espèces sauvages
Bernache nonette (Branta leucopsis)
68*
59
4
/
/
3*
/
Canard siffleur (Mareca penelope)
32*
27
 
/
/
5*
/
Oie cendrée (Anser anser)
19*
9
1
/
/
9*
/
Canard colvert (Anas platyrhynchoswas)
10*
8
/
/
/
2*
/
Cygne tuberculé (Cygnus Olor)
8
1
/
/
/
7
/
Faucon pèlerin (Falco peregrinus)
5
3
1
/
/
/
1
Laridé (espèce non précisée)
4
4
/
/
/
/
/
Courlis
3
3
/
/
/
/
/
Goéland argenté (Larus argentatus)
3
3
/
/
/
/
/
Goéland marin (Larus marinus)
3
3
/
/
/
/
/
Mouette rieuse (Chroicocephalus ridibundus)
3
2
1
/
/
/
/
Buse variable (Buteo buteo)
2
2
/
/
/
/
/
Oie des moissons (Anser fabalis)
2
1
/
/
/
1
/
Courlis cendré (Numenius arquata)
1
/
/
/
/
1
/
Cygne noir (Cygnus atratus)
1
/
/
/
1
/
/
Espèce(s) non précisée(s)
1
/
/
/
1
/
/
Faucon crécerelle (Falco tinnunculus)
1
1
/
/
/
/
/
Grue (Gruidae)
1
1
/
/
/
/
/
Hibou des marais (Asio flammeus)
1
/
/
/
/
1
/
Hibou grand-duc (Bubo bubo)
1
1
/
/
/
/
/
Huîtrier pie (Haematopus ostralegus)
1
1
/
/
/
/
/
Oie rieuse (Anser albifrons)
1
/
/
/
/
1
/
Pygargue à queue blanche (Haliaeetus albicilla)
1
1
/
/
/
/
/
Sarcelle d'hiver (Anas crecca)
1
/
/
/
/
1
/
 
Espèces domestiques et captives c
Basses-cours (multi-espèces)
4
3
/
/
/
1c
/
Poules pondeuses
3
1
/
/
/
2
/
Gallus de chair - reproducteurs
3
/
/
/
/
1
2
Autre domestique
1
/
/
1
/
/
/
                 
* 1 cas avec Bernaches et canards siffleurs /1cas avec Oies cendrées et canards colvert, c foyer déclaré en faune captive

Clinique dans les foyers en faune domestique et captive

  • Tous les foyers détectés en faune domestique ou captive présentaient des signes cliniques. Ces 21 foyers concernent outre des bassecours ou des élevages multi-espèces (9/21), principalement des élevages de Gallus pondeuses, reproducteurs ou futurs reproducteurs (9/21) ainsi que 2 élevages de Dindes chair et 1 élevage de canards chair. Les mortalités rapportées sont variables :
  • En moyenne, mortalité de 28% des animaux par élevage (minimum=12%, maximum=68%) dans les foyers de moins de 1000 oiseaux (n=9) (bassecours multi-espèces, foyers de faune captive, élevages multi-espèces)
  • En moyenne mortalité de 7% des animaux par élevage (minimum=0,1%, maximum=14%) dans les foyers de plus de 1000 oiseaux (n=12)
  •  
Point sur les migrations au 02/11/2020 – source OFB (office français de la biodiversité)
Les cas d’influenza aviaire déclarés aux Pays-Bas et en Allemagne sont tout-à-fait cohérents avec les couloirs de migrations en lien avec les cas précédemment déclarés en Russie et au Kazakhstan (voir BHVSI-SA du 03/11/2020). Le territoire français est concerné par ces migrations qui battent leur plein actuellement ; le pic d'arrivées migratoires en France a souvent lieu en novembre chez de nombreuses espèces d'anatidés. 
Outre ces mouvements selon des trajets et à des périodes assez prévisibles, les anatidés sont aussi très mobiles durant la totalité de leur période d'hivernage, se déplaçant facilement entre régions voire entre pays en fonction des disponibilités alimentaires et des conditions météorologiques. Il est donc nécessaire de rester vigilants jusqu'à leur départ en migration prénuptiale vers le nord-est, en fin d'hiver/début du printemps.

Référence

Nancy Beerens, Rene Heutink, Frank Harders, Marit Roose, Sylvia Pritz-Verschuren, Evelien Germeraad, Marc Engelsma
“Novel incursion of a highly pathogenic avian influenza subtype H5N8 virus in the Netherlands”, October 2020
doi: https://doi.org/10.1101/2020.11.03.361634 
 

 
[1] Par ordre alphabétique

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Organismes Internationaux

  • FAO EMPRES-i (Organisation des nations unies pour l’alimentation et l’agriculture)

  • HealthMap (current global state of infectious diseases)

  • OIE WAHIS (Organisation mondiale de la santé animale)

  • OMS (Organisation mondiale de la santé)
 

​​Organismes Européens

  • ECDC (Centre européen de prévention et contrôle de maladies)​

  • EFSA (Autorité européenne de sécurité des aliments)

  • ​DG santé (Direction générale Santé et sécurité alimentaire de Commission européenne)

 

Organismes Nationaux

Plateforme de veille sanitaire

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